在接下来的研究中，研究者又引入了滇榄仁的变种错枝榄仁（Terminalia franchetii var. intricata），使用叶绿体脱氧核糖核酸（chloroplast DNA，cpDNA）作为首选分子标记研究不同居群家系的进化历史。研究发现：第一，居群谱系组（phylo-group）遗传隔离现象显著，但是没有显著的谱系地理结构。这表明居群谱系组在进化历史上是相互隔离的，这与该物种居群只局限在干热河谷的环境中有直接联系；同时，居群谱系组之间的基因交流受到横断山区巨大山系的阻隔——地理上相互靠近的不同河流内的谱系组相互隔离，无法发生基因交流，而在遗传上相互远离。第二，居群谱系组的分布上有着显著的间断现象（disjunction），位于澜沧江上游、金沙江虎跳峡、禄劝以下金沙江下游和南盘江的自然居群（natural population）属于同一个谱系组，相互之间遗传关系相近，但是却在地理上相互隔离和间断；同样的间断模式还发生在位于雅砻江、金沙江中游和红河的自然居群中。这种现象也表明了在古代，澜沧江、金沙江、雅砻江与红河和南盘江之间存在过联系。分子钟推演得到的分歧时间在中新世中晚期（mid-to-late Pleistocene），与之前其他的研究相互印证。这个结果也支持中国西南地区河流演化的假说。第三，滇榄仁原变种（var. franchetii）的等位基因出现在错枝榄仁变种（var. intricata）中，可以推断此现象可能源于不完全的谱系分选，同时也可能是滇榄仁的两个变种的分布区由于河流系统的变化导致他们变连续，从而出现杂交（cross breed）、基因渐渗（gene integration）的现象。