单细胞分离对操作技术有比较高的要求
单细胞分离法是一种从待分离的材料中直接分离单个细胞进行培养获得纯培养的方法。该法在显微镜下操作，对于体积较大的微生物，可以用毛细管提取微生物个体；对较小的细胞或孢子，可以用显微针、钩、环等挑取以获得单细胞；也可将适当稀释后的样品制成小液滴，在显微镜下选取只含有一个细胞的液滴培养。
毛细管分离法：对于较大的微生物，可采用毛细管提取单个个体，并在大量的灭菌培养基中转移清洗几次，除去较小微生物的污染。这项操作可在低倍显微镜，如解剖显微镜下进行。
显微操作法：对于个体相对较小的微生物，需采用显微操作仪，在显微镜下进行。目前，市场上有售的显微操作仪种类很多，一般是通过机械、空气或油压传动装置来减小手的动作幅度，在显微镜下用毛细管或显微针、钩、环等挑取单个微生物细胞或孢子以获得纯培养。
小滴分离法：在没有显微操作仪时，也可采用一些变通的方法在显微镜下进行单细胞分离，例如，将经适当稀释后的样品制备成小液滴在显微镜下观察，选取只含一个细胞的液滴进行培养以获得纯培养。细胞分离法对操作技术有比较高的要求，限于高度专业化的科学研究中采用。
单细胞的分离：从异质性的细胞群体中分离单细胞，目前主要有三种选择：手动分离、荧光激活细胞分选和微流体技术。当然，除了成熟的方法，巧妙的新方法也在不断涌现，能以更高的准确性和特异性来分离单细胞。
如果你想要的细胞已经处于悬浮状态（比如循环肿瘤细胞），而且含量相对比较丰富，那么流式分选将是你的理想选择。如果样本是实体组织，我们可以用酶分解掉胶原和其他细胞外蛋白。不过，酶学消化对细胞影响较大，甚至可能改变基因转录情况。把组织细胞制备成悬液之后，我们就可以通过特异性的荧光标签分离出自己想要的细胞。进一步拿到单细胞是比较棘手的一步，也许要借助微流体设备。
将细胞分散到悬液中，会失去它们在组织里的位置信息。如果你想了解单细胞所处的环境和它们以前的邻居，就需要用到激光捕获显微切割技术。这种技术通过扫描组织切片来定位感兴趣的细胞，并将其提取出来。操作者需要小心，以免切到细胞或细胞核。数量稀少的细胞只能用毛细管等器具手动获取。
