真核起始因子的相互作用
真核起始因子之间与核糖体之间存在着大量的相互作用，构成了一个相互作用网络。其中，eIF3是介导这一相互作用网络的中心点，它的一个或多个亚基可以与eIF1、eIF1A、eIF2、eIF4B、eIF4G、eIF5以及核糖体40S亚基相互作用。这些相互作用可能是稳定的，从而可以形成稳定的复合物参与翻译起始进程；同样也可能有许多动态的相互作用，使得翻译起始进程是在可调控的情况下进行。
稳定相互作用
许多研究结果显示，eIF1、eIF3、eIF2·GTP·Met-tRNAi和eIF5能够在酵母体内结合，形成稳定的多因子复合物（MFC），而且MFC的完整性对于翻译起始，特别是在AUG密码子的选择中十分重要。而MFC是以eIF5作为核心，通过eIF5的C端结构域与eIF1、eIF2的β亚基以及eIF3的c亚基相互作用来聚合形成的。
动态相互作用
真核起始因子之间的相互作用很多可能是动态的，而且只发生在起始进程中的特定点上。有多个实验现象都支持这一观点：
(1) 在一些因子与40S亚基解离后，另一些因子就可以与40S亚基结合；
(2) 发现在细胞中，形成复合物的一些因子的浓度要高于另一些因子，这就表明这些高浓度的因子部分参与形成复合物，而另一部分则不参与；
(3) 在一些例子中，两个因子间的相互作用对于第三个因子能产生排斥，提示它们只能在起始进程的不同时刻发挥作用。例如，eIF1和eIF5的相互作用与eIF4G彼此排斥，eIF2和eIF4G的相互作用与eIF5，以及eIF5和eIF2B的相互作用与eIF2也相互排斥。
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