科研资源大量浪费。种豆得豆，种瓜得果。千军万马忙论文的最大“成果”，就是我国的科技论文数量逐年猛增，SCI论文去年跃居世界第二。数量虽多，质量却让人大跌眼镜：平均每篇论文的被引用次数仅为5.87次，远低于10.57次的世界平均值。更让人汗颜的是，我国的科技人员数量已居世界第一，自2005年以来科技经费投入每年以20%以上的速度增长，去年更是高居全球第二，但真正的原始创新成果乏善可陈，更不用说诺贝尔奖了。与我国SCI论文全球第二形成鲜明对比的是，我国的对外技术依存度依然达50%以上（发达国家均在30%以下，美国、日本则仅有5%左右），我国光纤制造装备的100%，集成电路芯片制造设备的85%，石油化工装备的80%，轿车工业设备、数控机床、胶印装备的70%，都要依靠进口。
学术造假屡禁不止。论文崇拜的另一大恶果，是学术造假时有发生，甚至愈演愈烈。由于没有一定数量论文就评不上职称、拿不到课题，一些科研人员要么捏造数据，要么抄袭他人成果；更有甚者不惜花钱买论文、发论文。据武汉大学信息管理学院副教授沈阳及其团队经研究发现，买卖论文在我国已形成一个庞大而完整的产业链，2009年产值已高达10亿元人民币！
许多有识之士指出，如果再不打破论文崇拜，提高自主创新能力、建设创新型国家的宏伟目标将难免落空。而要想彻底扭转以论文论英雄的局面，关键是要从源头入手，及早改革完善科技评价体系。据了解，早在2003年科技部就联合有关部委研究制定了《科学技术评价办法》（试行），对基础研究、应用研究、科技产业化等不同类别的科技活动确定了不同的评价目标、内容和标准。现在的关键是抓落实，不能仅仅发个文件就完事大吉。