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FFPE样本核酸（DNA/RNA）制备

2020.6.03

福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织切片的存档代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料。随着越来越多的研究人员转向 FFPE 样品的分子分析，开发特定的操作步骤，考虑这些样品的独特性质就变得越来越重要。QIAGEN 在 FFPE 样本纯化及下游检测整个流程中都提供完善的解决方案。

QIAamp DNA FFPE Tissue Kit —— 从石蜡包埋组织中纯化基因组 DNA

专门优化的裂解及逆转交联 Buffer 确保 DNA 的高效释放
30 分钟内快速从蜡块中纯化高品质，即用型 DNA
洗脱体积灵活：从 20 μl 到 100 μl
单次制备样本量可高达 8 块蜡块样本
可在 QIAcube 上面进行自动化纯化

使用QIAamp DNA FFPE Tissue Kit，从不同的FFPE组织样本中纯化基因组DNA。采用real-time定量PCR扩增prnp基因（78 bp、464 bp和727 bp）产物

RNeasy FFPE Kit —— 从石蜡包埋组织中纯化总 RNA

优化的裂解和逆转交联 buffer 确保 RNA 的高效释放
操作快速，在 85 分钟内即可获得纯化的 RNA
含有 DNase，确保无基因组 DNA 的污染
可在 QIAcube 上进行自动化纯化

从样本中去除石蜡后，在优化的裂解缓冲液中，采用蛋白酶K酶切，只需15分钟即可完成样本裂解，且不影响RNA的产量。裂解后，将样本置于80ºC孵化15分钟，逆转福尔马林交联。然后使用DNase和DNase Booster Buffer高效去除基因组DNA，包括FFPE样本中的小DNA片段。最后，使用RNeasy MinElute离心柱纯化浓缩的RNA。RNA的洗脱体积仅为14–30 µl，因此可以减少下游操作中的反应体积。

使用RNeasy FFPE Kit从大鼠肾脏中纯化总RNA。在Rotor-Gene Q实时荧光定量PCR分析仪上，使用（+RT）或不使用（-RT）逆转录酶进行PGK1（磷酸甘油酸激酶1）的real-time RT-PCR分析。-RT曲线证明，使用RNeasy FFPE Kit纯化的RNA中几乎不含基因组DNA。

miRNeasy FFPE Kit —— 从石蜡包埋组织纯化包含 miRNA 的总 RNA

有效纯化 miRNA 和总 RNA（见图 3）
优化的裂解和逆转交联 buffer 确保 RNA 的高效释放
含有 DNase，确保无基因组 DNA 的污染

采用福尔马林固定大鼠肝脏组织24小时或60小时，然后使用miRNeasy FFPE Kit纯化包括miRNA在内的总RNA。使用miScript PCR System和纯化的RNA作为模板进行定量real-time RT-PCR分析，检测miRNA miR-16和miR-29a以及PGK1基因的较大mRNA。结果显示，从同一洗脱液中可同时检测到上述两种miRNA和mRNA。

ffpe样本

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