新方案要求，各地卫生行政部门要切实加强对流感监测工作的组织领导，保障监测工作所需的人力、物力和财力。各疾病预防控制中心、网络实验室和哨点医院要按照新方案的要求，分工协作，扎实做好流感样病例筛查报告、病例采样、病毒分离、核酸检测、复核鉴定、病毒抗原性分析和基因特性分析等流感监测的各项工作。
新方案还要求地方各级疾病预防控制机构加强对辖区内学校、托幼机构、养老院等重点场所和重点人群的疫情监测，发现流感暴发疫情，严格按照要求及时进行处置。对符合报告标准的流感样病例暴发疫情要及时进行采样和检测，准确判定疫情性质，及时报告。如果发现人感染高致病性禽流感病毒或其他新流感亚型病毒，立即报告，并按国家相关预案规定及时做好应急处置工作。（卫生部新闻办 2010年9月10日）