iPS技术的具体机制和临床应用还存在不少争议。举例来说，越来越多的研究者们相信，源自不同组织的多能干细胞对自己身世有一种“表观遗传学记忆”，这种记忆会显著影响诱导多能细胞（iPSC）的分化。不过Stem Cell Reports杂志上发表的一项最新研究对此提出了挑战。这项研究表明，来源于不同组织的iPSC对重编程同样敏感。

　　iPS的安全问题也同样备受关注。iPSC分化而成的细胞到底会不会引起人体的免疫排斥呢？

　　为了明确自体hiPSC（人类iPSC）的免疫原性，徐洋教授领导研究团队构建了一个更有力的研究模型。他们在小鼠体内建立了功能性的人类免疫系统，并在这种人源化小鼠模型（Hu-mice）中分析了自体hiPSC衍生细胞的免疫原性。

　　Nature Methods杂志在十周年之际推出了纪念特刊，点评了在过去十年中对生物学研究影响最深的十大技术，其中就包括细胞重编程。iPS技术鼻祖山中伸弥教授，在这个特刊中发表文章解读了细胞重编程的命运。山中伸弥教授因这一技术获得了2012年的诺贝尔生理/医学奖。