在这样的时代背景下，1997年，中科院组织专家学者研究中国面向21世纪、面向知识经济时代的战略问题，并向党中央提交了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》的研究报告，提出了面向21世纪的中国国家创新体系的思路与新时期中科院的战略选择，建议国家组织实施“知识创新工程”。1998年6月，党中央、国务院正式批准中科院开展知识创新工程，作为建设国家创新体系的试点。
自此，凝练科技目标、调整科技布局、改革管理体制、优化队伍结构、培育引进人才、加强条件建设、扩大开放联合、培育创新文化、促进成果转化，成为中科院改革的主旋律。
只保留1/3的人做研究工作
让一部分研究员下岗不是改革的目的，而是为了把创新岗位留给那些想创新能创新的人。
在实施知识创新工程之前，计划经济体制下的种种弊端毫无例外地渗透到中科院的肌体之中。中科院院士何祚庥说：“那时，中科院的科技人员中有1/3是很勤奋工作的，还有1/3是只出工不出活的，剩下1/3是既不出工又不出活的。”要想使中科院大出成果，就必须鼓励那1/3的人大搞创新，还必须解决那2/3“不出活”的人的问题。