进入知识创新工程后，中科院全面推行了全员聘用合同制，各研究所按1998年在编人数的1/3设置创新岗位，从事科技创新工作。
干了一辈子，好不容易熬成了研究员，现在却要不被聘为研究员了，这让许多人无法接受。于是找领导说理、提意见遍布各个研究所。然而，中科院党组则坚定不移按部就班地推进改革。
1/3的人进入创新岗位，那剩下的2/3的人干什么去呢？这其中相当一部分人进入了支撑岗位，也就是为科研工作提供服务。如果不被聘用，那只能自谋出路。
知识创新工程实施仅仅几年时间，中科院的员工，从研究员到支撑岗位人员，便接受了竞争上岗的理念，适应了“按需设岗、按岗聘任、择优上岗、动态更新”的聘任制度。
凝练和聚焦创新目标，调整科技布局
在北京中关村保福寺桥西南角，中国科学院数学与系统科学研究院的标识屹立在高高的楼顶。然而，在中科院实施知识创新工程之前，并没有这样一个研究机构。它是中科院知识创新工程凝练科学目标、调整科技布局的结果。