早先，中科院在北京有4家数学研究机构：数学研究所、应用数学研究所、计算数学与工程计算研究所、系统科学研究所。合并后，减少了各所原有的重复布局，集中了优势力量解决重大科学问题，推进数学在国民经济和社会发展中的应用研究。同样，遗传研究所与发育生物学研究所、石家庄农业现代化研究所整合, 组建了中科院遗传与发育生物学研究所。今年年初颁发的国家自然科学奖一等奖“水稻高产优质性状形成的分子机理及品种设计”就出自于这个所的李家洋院士团队，而这一成果，历经20年研究，基本与知识创新工程同步，充分利用了遗传学、分子生物学和基因组学的多学科交叉方法。
中科院是通过调整、整合、撤并和转制，高度凝练科技创新目标，推进以研究所为单元的体制创新和制度建设，以提高中科院的创新能力，推动整体创新能力的提升、创新水平的提高。
将重复的研究方向聚合，将便于形成交叉学科优势的研究方向整合，中科院将原有的123个法人研究机构调整为2005年底的91个。到了2006年9月，中科院又开始组建新的研究单元，先后与山东、江苏、深圳、厦门签约，分别成立了中科院青岛生物能源与过程研究所、烟台海岸带可持续发展研究所、苏州纳米技术与纳米仿生研究所、深圳先进技术研究院、城市环境研究所。