由于长江水系是一个不可分割的完整的生态系统，该文进一步提出对长江泛滥平原多样性应实行整体保护战略，基于最小保护面积建立流域尺度的保护区网络。鉴于现存通江湖泊和长江干流的重要性，建议全年禁渔，并建立禁止采砂等人类活动的核心区。为确定阻隔湖泊恢复通江的最佳方式，应尽快开展鱼类的生活史过程和重要生物的水文情势需求研究，进而据此实施水闸的生态水文调度，特别是在鱼类洄游和植被发育的关键时期。作为当前的应急措施，应在条件较好的阻隔湖泊，尽可能长时间地恢复与干流的自由联系。
该研究受到中国科学院和世界自然基金会(WWF)的联合资助。