Lamberth在这项临时禁令中以破坏人类胚胎为由，禁止联邦资金资助人类胚胎干细胞研究。Lamberth说，《迪基－威克修正案》“明确禁止”联邦资金资助所有需要破坏胚胎的研究，而“所有”胚胎干细胞研究都会包含破坏胚胎的步骤，因此，NIH颁布的胚胎干细胞规范违反了修正案。

　　司法部在诉状中指出：“哪怕暂时的资金缺口都可能殃及众多正在进行的项目。”司法部认为，这一禁令“正在导致对数百万能够从人类胚胎干细胞研究中获益的病人、NIH、数百位科学家，以及在人类胚胎干细胞中花费了数亿美元的纳税人造成不可逆转的伤害”。司法部强调，该禁令已经对NIH内部价值950万美元的人类胚胎干细胞研究项目带来了“灾难性的后果”——NIH已经在8月30日开始关闭这些研究项目。

　　NIH院长Francis Collins则提交了一份12页的书面陈述，作为对司法部提出的上诉的支持。该书面陈述描述了4项具体的研究计划，包括在波士顿儿童医院工作的George Daley使用人类胚胎干细胞制造血红细胞的研究，以及一项即将开展的利用人类胚胎干细胞治疗脊髓损伤疾病的临床试验。文中指出，从2002年开始，NIH一共在人类胚胎干细胞研究上投入了5.46亿美元的资金。Collins强调，这项禁令将对新疗法的开发产生“极其不利的影响”，而有关人类胚胎干细胞的研究“将遭受无法弥补的损失，或需要很长时间才能够恢复生机”。