无论是自建自采平台模式还是第三方电子商务平台模式，医药电子商务在发展过程中，几乎都面临以下三个困境：
困境一，准入门槛高。我们在这里讲的准入门槛高，除了指传统意义上的资质认证难、硬件设施投入大和医药电子专业人才稀缺以外，还指政策上对医药市场流通领域的严格监管。同时，医药电子商务的发展需要政府、市场共同推进。
困境二，运维投入高。正在经营或者尝试要经营电子商务的企业就十分清楚，互联网是烧钱的行业。具体来讲，建设医药电子商务尤其是B2C平台，第一年基础投入就需要约380万。投入了基础费用，还要投入运营费用。互联网上的网络多如牛毛，如何让消费者知道我们?如何让消费者便利又快捷地实现网上交易?这些问题对于每一个网络公司来说，不仅需要不计成本地网络推广，线下推广，还需要信念，需要坚持。
困境三，盈利周期长。即使企业拥有合法的电子商务网站，但大多是各自为战的“信息孤岛”，无法产生聚合效应，形成规模经济。同时，我们无法估计网站的盈利周期。也许在某个时候，您也许会发现，盈利，就在不远处。
那么，医药电子商务的出路，到底在哪里?