t-RAS（转录组可变剪接调控深度分析）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；根据对照和实验组，系统分析您样品中所蕴藏的可变剪接调控规律，中肯分析所揭示出的重要科学规律；让您快速“发现”所关注的生物学，医学和农业问题的答案。
我们的流程：
1. Pretreatment（有效序列Reads提取）
l 高通量测序质量评估，获得测序有效读长。
l 剔除每条序列中的index序列和adaptor序列。
l 获得有效序列总数。
2. Mapping (全基因组定位)：让您“看见”自己样品中mRNA和ncRNA的分布状态。
l Read mapping: total mapped, unique mapped, multiple mapped.
l Genomic distribution of the mapped reads。包括不同基因区域分布分析：
（1）mRNA and ncRNA region
（2）sense and antisense region
（3）5’UTR, CDS, 3’UTR, intron, intergenic region
3. mRNA coverage analysis（mRNA覆盖度分析）：让您“看见”自己样品中mRNA的质量和特征。
l 盒须图分析mRNA不同区的reads coverage，以intron区作对照。
l Reads 在均一化的mRNA上的分布图。
4. Expression analysis (mRNA 表达量分析)：让您“看见”自己样品中每个基因的表达量。
l 通过严格的标准化获得您样品中每个基因的可信表达丰度。
l 根据表达丰度对您样品中的基因分布趋势进行可视化。
5. 可变剪接调控全面分析（Analysis of the Regulated Alternative Splicing ）：让您快速“发现”样品中可变剪接模式的变化，及其所介导的基因表达的变化；“认清”可变剪接调控在你所感兴趣生物学、医学和农业问题的重要贡献。
（1） 对流程步骤1中获得的有效Reads进行mRNA“定位”，发现您转录组中所有的剪接点SJ（Splicing Junction）。
（2） 对剪接点所归属的剪接方式进行分类：
l 外显子跳跃（exon skipping）
l 互斥性外显子（mutual exclusive exon）
l 可变5’剪接位点（alternative 5’ss）
l 可变5’外显子（alternative first exon）
l 可变3’剪接位点（alternative 3’ss）
l 可变3’外显子（alternative last exon）
（3） 对内含子包含事件（intron retention）进行单独分析。
（4） 发现不同转录组中发生显著变化的剪接事件。
（5） 对可变剪接事件涉及的基因进行功能聚类分析。
6. 综合分析。
（1）结合步骤2-5的结合，“察清”可变剪接调控对基因表达水平及其编码蛋白性质的潜在影响。
（2）结合您的前期研究成果和您研究领域的进展，为您提出新的科学发现。
7. 为您提供验证RAS（可变剪接调控事件）的实验方案。
8. 为您提供验证新科学发现的实验方案。
我们的承诺：
l 提交您专业的项目结题报告。
l 一个生物学样品分析完成时间一般为5-7个工作日，每加一个样本增加2-3个工作日。
您需要提供的样品：
l 如果您的RNA-seq过程不是在本公司完成，请您提供原始测序数据，样品介绍，以及您的项目需求。
l 分析结果的可信度和深度依赖于您的测序质量和有效reads的数量。
l 高度推荐75-nt以上的序列。
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