同时，为了防止“以罚代刑”，强化对涉嫌环境犯罪案件的查处，草案修改稿还增加一条规定：环境保护主管部门发现涉嫌环境犯罪的案件应当移送公安机关或者人民检察院;对构成犯罪的环境违法行为，依法追究刑事责任。
政府不再为污染事件埋单
近年来，影响范围广的环境污染事件频发，为避免出现排污者污染环境却由政府“买单”的情况。草案修改稿拟规定，各级人民政府及其有关部门，要做好突发环境事件的应急准备、应急处置和事后恢复等工作，但为应对因排污者过错造成的突发环境事件而支付的费用，则应按照成本合理确定，由排污者承担。
对这类环境污染事件，草案修改稿也明确了处罚规定：对造成一般或者较大环境污染事件的排污者，可按照直接损失的20%处以罚款;直接损失无法认定的，对一般环境污染事件处10万元罚款，对较大环境污染事件处30万元罚款。对主要负责人和负直接责任的人员，处上一年度从本单位取得的收入20%的罚款。