可以使用CRISPR–Cas编辑器在植物基因组中产生短插入和缺失，但是事实证明，很难在特定目标位点可靠产生较大缺失。
2020年6月29日，中国科学院遗传发育研究所高彩霞团队在Nature Biotechnology在线发表题为“Precise, predictable multi-nucleotide deletions in rice and wheat using APOBEC–Cas9”的研究论文，该研究报告了一系列APOBEC–Cas9融合诱导的缺失系统（AFIDs）的发展。 使用AFID-3在水稻和小麦原生质体（30.2％）和再生植物（34.8％）中产生的缺失大约是可预测的。该研究显示eAFID-3，其中AFID-3中的A3A被截短的APOBEC3B（A3Bctd）取代，产生更均匀的缺失。AFID可以用于研究调控区域和蛋白质结构域，以改善农作物。