蛋白质组学研究是一个热点领域，中国从2006年开始，其蛋白质分离、鉴定能力逐步提高，到2009年已处于国际领先地位。

　　张教授首先向大家介绍了人类蛋白质库的现况。人类蛋白质库中2万个编码蛋白的基因所对应的代表蛋白中，有近8000个低拷贝数蛋白仍然没有被发现；疾病分子标志物和药靶很可能在8000个没有被发现的蛋白中；没有证据和弱证据的蛋白存在于哪些细胞通路及具有哪些功能， 是否有的蛋白从来不要也不会被人类基因表达等等问题仍属未知。

　　接下来张教授向大家介绍了多维液相色谱-质谱平台开发，从而用于蛋白质组学研究。蛋白质组学分析方法主要有Bottom-up和Top-down两种方法， Bottom-up（自下而上）是传统的手段，它将蛋白质的大片段混合物消化/酶解成小片段的肽后再进行分析，它在大规模鉴定未知蛋白质方面表现出极大的优势。Top-down（自上而下）技术可以直接对完整的蛋白——包括翻译后修饰蛋白以及其它一些 大片段蛋白测序，而非仅仅针对多肽。