于是，自1998年起，李宁向北京市自然科学基金提出了多项关于基因定位等方面的研究申请，并得到了北京市自然科学基金的积极反馈。

　　“我研究的课题非常贴合北京市农业生产实际需求，因此得到了北京市自然科学基金的高度重视，一开始即给予重点项目支持。而在整个操作过程中，北京市自然科学基金方面高度敬业的工作态度也给我留下了深刻印象。”

　　李宁介绍，北京市自然科学基金有关工作人员从项目立项、实施，直到结题，对整个操作过程进行了跟踪式管理。在项目取得成果后，还积极推介到北京市科委农村处予以产业化推广。

　　在北京市自然科学基金的支持引导下，李宁取得了卓越的工作成绩。

　　1998年至2008年间，李宁共主持完成了4项北京市自然科学基金项目。其中，“鸡重要生长与肉质性状的基因定位”、“肌肉质、腹脂和色素性状的分子遗传基础研究”和“利用RNAi技术培育抗禽流感新品种”三项研究，发展了国际先进的基因精细定位和基因功能验证技术体系，为我国分子标记技术的持续创新奠定了重要基础。