台式测序仪机皇之争：MGISEQ-2000 vs NextSeq 2000
作为业内玩咖，今天看到了第一台NextSeq 2000入驻客户实验室，画面颇有宜家质感。隔着屏幕，不能“开箱测评”，但昨天下午准点收看了illumina的新品云发布会现场录播后，我决定为大家带来一场“云测评”——台式测序仪的机皇之战：MGISEQ-2000 vs NextSeq 2000。
基本参数
相对MGISEQ-2000而言，NextSeq
2000更加小巧精致，但仅支持单载片运行，提供两种载片规格：P2流动槽（400M reads）和P3流动槽(1000M
reads)。每种流动槽可提供3种读长模式：100循环、200循环和300循环，所以在发布会上illumina提到的“两款试剂，六重选择”，就是指2种流动槽和3种读长的组合选择。
（顺便diss下这张图，P2和P3流动槽的reads数分别是400M和1000M，支持单次运行的最大样本数应该是一小一大，这里出现了明显的bug，不认真）
如果单拎出来比“多重选择”的话， MGISEQ-2000完胜。两点：
第一，MGISEQ-2000具备双载片平台，可支持两张载片同时运行。这一点相当于“双卡双待全网通”。
第二，MGISEQ-2000同样提供两种规格的载片：小载片FCS（550M reads）和大载片FCL（1800M
reads）。其中，大载片FCL还可以细分为StandardMPS版本和CoolMPS版本。不同规格的载片组合运行模式可以是1张小载片（FCS*1）或1张大载片（FCL*1），也可以是2张小载片（FCS*2）或2张大载片（FCL*2），还可以是1张小载片和1张大载片（FCS*1+FCL*1），根据样本量情况灵活选择，开机成本灵活可控。
表1 NextSeq 2000 与 MGISEQ-2000的通量选择
同时，MGISEQ-2000提供6种读长模式：SE50、SE100、PE100、PE150、SE400和PE200，折算为循环数是5种模式：50循环、100循环、200循环、300循环和400循环。如果按NextSeq
2000的宣传逻辑（“两款试剂，六重选择”）来说，那么MGISEQ-2000就是“两款试剂，25重选择”（5种流动槽组合和5种循环数组合）。
表2 NextSeq 2000 与 MGISEQ-2000的读长选择
当然选择更多，并不一定就是好事。主要还得看“关键性能参数”是否处于“当打之年”。我们下面对两个测序系统从数据产出、数据质量和运行时间这三个方面进行对比。
数据产出
从单流动槽的通量设定来看（表3），NextSeq 2000和MGISEQ-2000的差距并不大，NextSeq 2000 P2流动槽（400M
reads）对标MGISEQ-2000 FCS小载片（550M reads），P3流动槽（1000M reads）对标FCL大载片（1800M
reads）。但由于MGISEQ-2000配备双载片平台，在400循环双载片运行模式下（FCL*2，PE200），数据产出可达Tb级别(1440Gb=1.44Tb)，这一点是NextSeq
2000望尘莫及的。
由此可见，灵活的载片组合方式使得MGISEQ-2000拥有极高的通量灵活性（55Gb-1440Gb）。
台式测序仪的机皇之争，第一回合，在数据产出的峰值和灵活性等方面，MGISEQ-2000 胜。
表3 NextSeq 2000/1000 与 MGISEQ-2000/FAST数据产出
数据质量
仅从官方公布的Q30数值来看（表4），NextSeq 2000和MGISEQ-2000的数据质量基本相当。在云发布会上，illumina官方对NextSeq 2000数据质量的承诺是：与当前的NextSeq 550系统保持了相同的高标准。
表4 NextSeq2000与MGISEQ-2000数据质量（官标数据）
根据公开资料显示（表5），MGISEQ-2000与NextSeq 550平台标准品测试表现基本处于同一个水平，期待后续两个平台基于不同测序应用更全面的数据对比。
台式测序仪的机皇之争，第二回合，平。
表5 MGISEQ-2000与NextSeq 550数据质量
数据来源：华大智造微信公众号
样本来源：中检院标准品HJ
文库类型：WGS
测序平台：MGISEQ-2000和NextSeq 550
运行时间
从运行时间来看，这两款机型的设定也非常接近，最短时间13小时。当然，在同一读长模式下，NextSeq
2000会更快一些。但我们会发现，仍然是依托于双载片平台的优势，使用MGISEQ-2000的2张小载片FCS同时运行与使用NextSeq
2000的P3流动槽所产出的数据量基本相当（1000M VS 550M×2），而此时在运行时间上，MGISEQ-2000
FCS却重新占据了上风（见表6）。
台式测序仪的机皇之争，第三回合，平。
表6 NextSeq 2000/1000 与 MGISEQ-2000/FAST运行时间
最后我们谈一下两家公司的商业思路。illumina在这次发布会上也提到：NextSeq
2000已在今年第一季度上市，可适配P2和P3两种流动槽；NextSeq 1000 （仅适配P2流动槽）将在今年第四季度上市，NextSeq
1000可升级为 NextSeq
2000。这两款产品跟MGI华大智造在2019年对MGISEQ-2000和MGISEQ-2000FAST的市场定位非常类似。
值得咂摸的是，如果现在推出的NextSeq 2000就已经可以适配P2和P3两个流动槽，那为什么只需适配P2流动槽的NextSeq 1000要等到今年年底才能上市呢？
答案很简单，因为P3流动槽要2020年底才可以发布啊，也就是说即使现在用户购买了NextSeq2000目前也只有P2流动槽可以使用，没有P3流动槽的NextSeq2000不就是“NextSeq1000”吗？如果NextSeq1000和NextSeq2000同时在一季度开售，那么请问谁愿意先把125K美元（2款机器之间的售价之差）无息存在illumina一年？先买台NextSeq1000，等P3流动槽发布在申请升级不就完了？
所以大家现在知道为啥NextSeq1000是2020年第四季度发布了吧？因为它的发售时间需要跟P3流动槽同步。
另外很多同学会问到那与NextSeq P2流动槽参数一样的NextSeq500/550Dx机型（High-Output Flowcell
400M）怎么办，这不产品体系之间有冲突吗？这事你也甭操心，因为NextSeq550Dx预计今年就会获得NMPA批准在中国上市了，所以你想做临床诊断，你还得乖乖的买“老款”的NextSeq550Dx，毕竟NextSeq2000还只有科研版本，而且不出意外后面的P4流动槽面世之时，NextSeq2000将成为主打P3/P4流动槽的机型，这又跟NextSeq500/550Dx拉开“段位”了，完美。
来，我们再回顾一下文章开头这图，“One Day”不如“Today”的声音在耳边回荡。
结语
总结，这次illumina发布的新品在用户体验上的表现还是非常可圈可点的。比如：机器全干式设计、集成式卡盒（illumina的iSeq100和MGI的DNBSEQ
E均采用该类设计），又比如：机载二级分析工具DRAGEN
Bio-IT，这些改进对于医疗机构终端用户还是具有吸引力的，但是对于专业领域的B端商业用户就仁者见仁、智者见智了，毕竟内置的DRAGEN
Bio-IT还是一定程度上增加了仪器成本。
遥想2015，华大发布BGISEQ-500，很多人认为是跟illumina的NextSeq 500对标；2020，短短的5年之后，illumina发布全新的NextSeq
2000/1000，很多人认为在跟华大的MGISEQ-2000/FAST对标，不禁令人感慨国产测序仪的进步之快、能量之大。
总之，“我们正处在一个你追我赶、飞跃向前的建设热潮中”。我们为此感到兴奋不已。
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