通过分子生物学和形态学的研究，有学者认为，两种家养稻是独立起源的。它们分别由不同地区的不同人群，在不同地点驯化而成。而另有学者则持不同观点，他们认为，两种家养稻是一次起源的，它们的存在只是驯化后物种适应不同的地理环境的结果。两派学者各持证据，一直以来未有定论。

　　利用新一代的测序技术，基因组所及中山大学研究人员发现，水稻全基因组绝大多数基因都支持了其独立起源的历史，两种家养稻似乎都是从野生群体里独立培育出来的。然而，当研究人员分析那些受过人工选择的重要基因区段时却发现，两种家养稻的基因及其类似很多重要的农业经济性状看起来是一次起源的。

　　研究者认为，当一种重要的农业经济性状在一种家养稻中出现时，古代育种专家就通过杂交，把相对应的基因区段，“借鉴“或”拷贝”到另外一个物种里，从而使得另外一个品种也具备了人们所想要的表型(例如，种子不容易落粒等)。古代人们的这种相互“克隆”和“盗版”，勾画了人类重要农业经济性状基因的演化历程。该研究结果，在支持学界的两种理论的同时，也统一了上述两种假说。