在协议中，双方同意逐步减少或消除双方之间实质多数货物贸易的关税和非关税壁垒；逐步减少或消除双方之间涵盖众多部门的服务贸易限制性措施；提供投资保护，促进双向投资；促进贸易投资便利化和产业交流与合作。
双方同意在不迟于协议生效后6个月内，就货物贸易协议、服务贸易协议、建立适当的争端解决程序以及建立投资保护机制等问题展开磋商，并尽速完成、达成协议。
经贸社团互设办事机构
协议提出，为强化并扩大协议的效益，两岸双方将加强经济合作。合作领域包括但不限于以下内容：知识产权保护与合作；金融合作；贸易促进及贸易便利化；海关合作;电子商务合作；研究双方产业合作布局和重点领域，推动双方重大项目合作，协调解决双方产业合作中出现的问题;推动双方中小企业合作，提升中小企业竞争力；推动双方经贸社团互设办事机构。
双方同意在协议生效后6个月内开始实施货物贸易早期收获计划。同时，双方还将成立“两岸经济合作委员会”，负责处理与协议相关的事宜。