2007年10月，伯纳特就任谢菲尔德大学校长，成为2.5万多名学生和6000多名教职工的掌门人。他暂别了自己的学术生涯，解散了研究团队，离开了那些可爱的研究生。管理成了他的工作，学术变成业余时间的个人爱好，因为“一个大学校长没有权力通过个人喜好而去决定资源的分配”。
伯纳特决定做一个好的“投资商”：“大学校长的职责是决定学校的发展方向。这需要有宽广的视野和对方向的把握。”对于大学决策，他有自己的智囊团：学校设专门的委员会，下面还有猎头机构帮助寻找合适的人才，校长必须对非自己专业领域有总体的感觉和判断。而对这些领域的了解，占据了他很大一部分时间，“不仅是知道，而且要把握它的发展趋势，关键问题在哪儿。”
伯纳特认为，学校的专业会根据时代变化而逐渐调整，但不应完全跟随市场。以就业为例，伯纳特这个大学校长也会研究市场，研究雇主的想法。在他看来，学校要引导雇主不仅仅看一个人学习的专业如何，而要从整体看这个人的素质，比如，有没有志愿者经验等等。“大学校长的重要工作是说服雇主，雇用我们培养的高素质人才。”