非达尔文进化的理论基础研究
Zuckerkandl and Pauling（1962）通过比较不同生物世系的同一血红蛋白（hemoglobin）分子的氨基酸排列顺序发现，氨基酸随着时间的推移大致以一定的比例相互量换着，即氨基酸在单位时间以同样的速度进行置换。他们将这样的观察一般化之后，提出了所谓的分子钟（Molecular clock）假说，即基因或蛋白质的序列随时间的推移以相对恒定的速率变化，而且同一基因或蛋白的变化速率在不同世系的有机体中大约一致。
1968年，日本学者木村资生（Motoo Kimura）提出了所谓的分子演化中性学说（neutral theory of molecular evolution），该学说有两个要点，其一，大部分突变都是中性的（即对生物的演化适应性并无实际作用，它们既不会被自然选择促进，也不会被抑制），它们要么逐步扩散到整个种群，要么通过“基因漂移”的随机过程而消失，但大部分中性突变被固定下来了；其二，每一种大分子在不同生物中的变化速度都是一样的(Kimura 1968) 。可以认为，中性学说是分子钟假说的一种延伸。
谢平（2014）指出，分子钟或中性理论的倡导者与达尔文一样都关注随机变异（当然前者在分子水平，后者在表型水平），只不过前者对不受自然选择作用的那些变异感兴趣，而后者则关注受到自然选择作用的那些变异；可是，任何水平的变异既具有随机性，又不可能完全随机，而分子钟或中性理论的信奉者就是要找出既普遍存在又逃脱了达尔文选择的神奇分子，或者说一个普适性存在且完全不受达尔文选择影响的分子就是他们梦幻中的时钟分子。当然，这样的分子还必须具有足够的复杂性，以便容纳相当大的时序性变异，而过于简单的分子是不可能作为这种时钟分子的。
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