对于外界的这些质疑和指责，世界卫生组织从一开始就予以坚决否认。陈冯富珍总干事表示，商业利益在世卫组织的决策中绝没有产生过任何影响，她重申世卫组织的警告级别是根据病毒学和流行病学认定的标准来确定的。世界卫生组织助理总干事、流感问题首席顾问福田敬二则认为，互联网和一些媒体在甲型H1N1流感流行期间发挥了“散布传言”、“煽动紧张”、“推波助澜”等负面作用，干扰了世卫组织和各国应对甲流。但福田敬二也承认疫情应对过程中有许多可以改善之处。
28日的会议并没有向外界公开评估报告的全部内容，只是提供了一些结论和建议，完整的报告将提交给5月召开的世界卫生大会。陈冯富珍在会议上表示，这份评估报告解决了两个关键问题，一是“世卫组织的警告级别是否是恰当的？当时是不是真的出现了全球性暴发的大流感？”二是“世卫组织的决定、忠告和行动是不是由制药业的利益驱动的？”。她说，评估报告对这两个问题的答案可以让世卫组织摆脱以往对其的指责，可以说是还世卫组织的一个清白。