最终的目标是：产生高质量的结果，届时全球的研究者们将可普遍获得这些结果。在长期的计划中，HPP的目标是，把蛋白质组学从研究带入临床的应用。

　　HPP项目是怎样开始的？

　　几年以前HPP项目就开始策划，但是实现项目目标所需的工具直至最近才变得可用。近年来质谱技术获得显著提高，尤其是其重现性、通量、分辨率、精度和分析质量方面。这些提高使得质谱具有足够的精度来检测和定量多样化的蛋白，即使是在痕量的浓度水平下。新的技术也使研究人员可比较从不同的组织和试验得到的数据库，来研究一个样品中蛋白存在和表达的水平，这些是HPP的核心元素。

　　例如，SWATH™采集技术，是瑞士苏黎世大学的Ruedi Aebersold和其同事们发明的，是第一个基于质谱的技术，可以同时定性和定量一个样品中所有的蛋白和多肽——只需一次分析——快速、准确、重现。AB SCIEX 的TripleTOF™5600 系统使SWATH采集方法的开发成为可能，它独一无二地集成了以下能力：超高速的采集、定量能力、准确质量、高分辨率。