主要的挑战是什么？

　　HPP项目的两大主要挑战将会是：说服足够大的研究实验室加入该集团，并确保进行足够的定量分析、从而发展非常大规模的数据库。在长期的计划中，HPP将面临第三种挑战：说服诊所使用质谱来诊断。

　　为实现HPP的目标，非常需要大型和有影响力的研究组。集团的每一个成员将被要求专注于一种疾病或生物问题上，遵循指导原则，接受开放的交叉分析，并在发表论文前分享他们的结果。

　　除了确保高质量和重现性的结果，集团需要优秀的定量工具来生成参考蛋白的蛋白库。这要求高灵敏的质谱仪，比如最近发展的TripleTOF 5600。

　　诊所传统上使用基于抗体的方法来诊断，这种技术有局限性，有时不能生成所需的结果。为了将来把人类蛋白质组学发现的结果应用到临床上，诊所将需要把原来的诊断方法转换为质谱法。