本次共享航次申请面向国内具有海洋科学考察船所有权和管辖权的管理单位。考察船必须符合交通部海事局相关法规规定的适航条件，并且具有实施多学科综合型科学考察的经验和良好记录；同时船载考察设施先进、齐备、状态良好，符合相关海洋调查、质量和标准计量管理认证规定，满足科学考察基本要求。
航次申请须以考察船管理单位的主管领导或分管领导作为申请人，填写基金项目申请书。依托单位对申请书进行审核后，通过ISIS系统报送电子申请书、1份签字盖章的纸质申请书原件和依托单位的公函。电子申请书与纸质申请书的内容须一致。申请书的报告正文应按照航次论证报告的内容，重点论述航次的科学目标、科学问题、观测与调查内容、观测与调查海区、航线的初步设计、航期与运行费、调查设备支持以及海上调查基本技术指标等。
获得资助项目的负责人应承诺遵守《国家自然科学基金海洋调查船时费专款试点实施方案（讨论稿）》数据和资料管理与共享等的相关规定。