荧光PCR扩增仪依据PCR仪工作原理选择机型
热模块：
由于PCR扩增仪器为96个样本同时进行扩增和检测，每个检测孔的温控完全一致是理想状态。不同PCR扩增仪的升降温原理不同，如压缩机、半导体或空气传导，升降温速度差异较大。有的PCR仪器由多个加热模块拼接，长期使用后容易出现某一个加热模块损坏，给临床报告带来麻烦。临床检测不单单有质量要求，有时容不得报告的拖延，因此选择整体加热模块和故障率的仪器，也是提升实验室质量的因素之一。
光学模块：
PCR扩增信号的采集，是荧光PCR仪器定量的灵魂，决定了96个样本孔间信号采集的均一性。从扩增管上部采集荧光信号的方式，由于经过管盖和空气部分，容易导致荧光信号衰减或折射，不同核酸浓度的扩增效率易产生差异，而侧面采集荧光信号仪器，则能有效避免上部荧光采集存在的缺陷，获得颜值较高的扩增曲线。因此，从侧面采集荧光信号的PCR仪器应该列为首选。此外，PCR仪器的激发光源首选LED，寿命长、光亮度衰减慢，明显优于卤钨灯。
软件系统
计算机对每个扩增荧光信号进行拟合，依据标准曲线得出检测样本的结果，分析基线的设置原则以扩增曲线荧光值的5%为准，这恰好是PCR扩增仪容易产生噪音的位置，因此软件具有依据整体扩增趋势进行优化的功能显得尤为重要，从而使获得的荧光曲线趋于光滑，而得出重复性较好的结果。对扩增效率较差的PCR试剂盒，如果在没有曲线优化功能的PCR仪上扩增，将获得颜值极差的扩增曲线，甚至无法判断结果，针对这一情况，有些试剂厂家针对不同的PCR仪器制作相应的试剂盒。
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