令人遗憾的是，近年来，由于超载放牧、盲目采挖、盗猎等不合理的开发利用以及全球气候变化等诸多因素的综合影响，三江源区草地生态系统退化、高寒湿地萎缩、生物多样性锐减等生态环境危机不断加剧，人口、资源、环境与发展之间的矛盾日益尖锐，不仅严重制约当地经济社会的发展，而且危及到了中下游地区的生态环境乃至全国的生态安全。
事实上，为了保证长江、黄河的水质和流量，作为上游地区，青海已付出了高昂的代价。相关统计显示，仅三江源地区禁伐和休牧，青海每年损失的林业和牧业收入就以数十亿元计。
所幸，近年来，随着中国政府和民众环境意识的不断增强，生态补偿的理念已得到广泛认可。许多学者和专家都提出了在三江源区建立生态补偿机制，对环境问题中产生的损失予以补偿。
专家认为，由于三江源生态保护所需成本巨大，当地政府无力承担，只有建立完善的生态补偿长效机制，才能从根本上遏制生态环境恶化趋势，实现区域社会经济的和谐发展。