马悦凌对渐冻症患者的治疗共分为两步。一是“从饮食上为患者补足气血，戒除寒凉、疏通血脉。”所吃的食物包括黑米糊、牛鞭粥、虾羹、牛肉、红枣桂圆羹、当归粉，以及她自己研制的固元膏等。在此基础上，再“通过艾熏、注射复方当归液、按摩、刮痧走罐、泡脚等方式为患者祛除寒湿、排出毒素、疏通经络。”
6月29日，《生命时报》记者采访了两位接受过马悦凌治疗的渐冻症患者。第一位患者的爱人表示，就因为看了马悦凌放在网站上的视频，觉得老伴终于“有救了”，于是从去年11月开始在线接受马悦凌的指导治疗，如今已有206天，主要方法就是生吃泥鳅、吃黑米糊、泡脚、梳头、按摩耳朵、当归注射等，并每天在网站上发布治疗记录，且能及时得到马悦凌的回复。另一位患者来自天津，他的保姆告诉记者，去年年底她曾陪患者到北京接受过马悦凌三个月的当面指导，但因马悦凌在治疗一个月后索要费用而产生误会。在马悦凌的个人网站上，患者的女儿对此表示了一定质疑，便立即招来该论坛网友“忘恩负义”、“好心没好报”等指责。在该患者的主题帖中，记者发现，北京治疗期间，马悦凌曾一次在他324个穴位注射当归注射液，被“马迷”们赞为“艺高人胆大”。据马悦凌的助手说，
“治疗‘渐冻人’只是马悦凌探索人类健康的一个项目”，“下一步马老师准备攻克艾滋病”。