该软件和质谱领域相关的主要是MS Manager、SpecManager等模块，能自动将色谱峰与碎片段归属，为可能的化学结构提出合理的碎片归属，它不但可以自身联用如MS/MS、MS/MS/MS，而且可以与其它技术联用如(LC/MS, LC/MS/MS, LC/DAD, CE/MS, GC/MS)，同时含有色谱处理和报告功能。与大多数仪器厂商硬软件具有相兼容，并能对其资料进行处理和贮存。
MetaCore软件
GeneGo公司研发的系统生物学信息整合和分析平台MetaCore，依托世界上最全最准确的系统生物学数据库MetaBase，结合先进的数据挖掘和分子相互作用网络算法，可帮助分析人员在几分钟内轻松捕捉和定义隐藏在高通量实验数据背后的生物意义。