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不要让实验中的抗体成为绊脚石

2016.2.22

  加州大学圣地亚哥分校的细胞生物学家Stephan Lange的论文手稿基本上都准备好了,这时他打算再检查核对一下他的抗体:Lange对缺失G蛋白偶联受体的小鼠样品进行染色,按道理说抗体不会出现信号。然而结果却是它显色了,Lange只好把他论文中基于抗体的这部分删去,而剩下的一部分却不足以吸引人了。

  这令Lange失望极了,不过值得安慰的是,他并不是唯一一个有此体验的实验人员,抗体可以说是生物学实验室里最常用,也最容易出现问题的试剂,而且这种试剂还不便宜。来自Mol Cell Proteomics杂志的一项研究指出,在被检测的5000种商用抗体中, 只有一半能在Western blotting和免疫组化实验中均有效,一些研究人员还认为问题抗体是许多科学研究无法重复的罪魁祸首。The Scientist收集的一些小Tips也许能帮助你发现实验中最灵敏,特异性最强,以及实验可重复的抗体。

  找到最适合你实验的抗体

  自我检测

  耶鲁大学医学院的病理学教授David Rimm表示,即使是从信任的厂家那里购买得到的抗体,他也要先自己检测一下。由于之前他曾在一项临床癌症实验中被抗体问题困扰,因此他设计出了一种详细的运算方法来验证抗体。(Biotechniques, 47:197-209, 2010).

  他主要检测的是灵敏度和信噪比,对于Western blot实验来说,抗体应该能在靶标分子量处很好的显示条带,而不是其它;对于免疫组化来说,抗体则能识别蛋白残基出现的组织,而不是其它。对于靶标蛋白表达量高的细胞或组织,抗体也应该能显示出其相应的水平,如果你能接触到不只一种抗体,那么就找出最匹配的抗体来。

  另外,实验中抗体也应该会与负对照有少量结合,金标准是将抗体用在缺少靶标蛋白的细胞或组织上。2014年Proteintech 尝试利用RNA干扰(RNAi)敲除细胞系中的基因,用以验证他们的抗体。到去年秋天,这家公司已经检测了将近800种抗体(其目录上有12000中抗体)。英国的abcam 公司则采用的是CRISPR 基因编辑技术敲除细胞系来验证抗体,他们计划从2015年年底开始,每年检测300-500种抗体,其公司也已经停售了部分检测失败的抗体。

  再次检测

  如果找到了一种适合你实验的抗体,那么首先要确保它对于不同的科学家和不同的时间段都是可重复的,然后在每次订购的时候都要进行再次检测。前文所提到的Rimm教授就是因为不同批次的抗体引来了大麻烦:他研发了一种利用抗体的临床检测方法,但是当他几年后订购相同产品的时候,却发现了不同的结果。

  这也就是多克隆存在的主要问题:不同批次的放血,或不同的兔子都会产生不同的抗体混合物,这在某种程度上可以通过严格的动物对照来进行控制,比如使用同样培养条件下,同一性别遗传相近的兔子。

  按理说,单克隆抗体应该是一种抗体,但这也不能保证多批次就能获得相同的结果。其中部分的原因在于并不是所有的所谓单克隆培养都是来自单一抗体生成血细胞。一些其实是寡克隆(oligoclonal),源自多个抗体生成细胞,其产生的抗体会出现差异。

  重组抗体能避免这些情况的发生,但它们也不是完美的,比如不同宿主细胞系也许会形成不同的翻译后修饰,改变其亲和力。甚至培养基中的pH或者氧水平都会影响最终的结果。此外,无论你订购的是哪种类型的抗体,运输途中出现的解冻,都有可能破坏蛋白。

  与他人交流

  如果你第一次尝试失败的话,不要放弃,打电话给供应商寻求技术支持,一些公司也许会提供新的抗体给你。或者再仔细翻查操作手册,某些抗体也许需要特殊的方法。

  如果你找到了一种好的抗体,并发表了论文,那么详细的提供厂家,产品和实验详情能帮助他人更好的复制你的发现。

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