1、技术落后
目前的巯基乙酸甲酯生产合成方法主要为以巯基乙酸和甲醇为原料，以硫酸为催化剂的间歇合成法，存在收率低、反应时间长及设备腐蚀严重等多方面的问题。而且，与欧美、日本等发达国家相比，国内巯基乙酸甲酯行业起步较晚，科技研发能力不足，技术水平还较为落后，尤其是在产品质量、总体收率、污染处理等方面的工艺竞争力较弱。
2、高纯原料依赖进口
高品质巯基乙酸甲酯的生产对原料纯度要求较高，但是我国从20世纪70年代才开始研究巯基乙酸的合成方法，对其研究相对滞后，生产工艺也比较落后，环境污染严重，高纯度产品大部分还需从法国、德国、日本等技术水平领先的国家进口，在一定程度上限制了我国巯基乙酸甲酯产品的发展。
3、相关政策、标准有待进一步完善
目前，我国巯基乙酸甲酯行业仍处于成长期阶段，尚未建立起专门针对巯基乙酸甲酯行业完善的政策和标准体系，导致我国巯基乙酸甲酯产品行业规范化程度较低，产品质量参差不齐。我国巯基乙酸甲酯行业需要尽快建立适合我国产业特点并与国际接轨的巯基乙酸甲酯相关行业政策和标准体系，按照分类指导原则，尽快完善有关巯基乙酸甲酯产品的术语、技术以及生产过程污染物排放等标准，提高我国巯基乙酸甲酯行业的规范程度。