质粒载体的载体大小的介绍
大的质粒（大于15kb）不会很好转化而且DNA产量通常很低。在设计实验时要考虑到加入插入片段的最终载体大小，尽量用更小的载体。
兼容性
当多于一个质粒载体必须同时存在于同一个细菌细胞中，这两个质粒的复制子必须是兼容的。当他们不能稳定地共存时，则认为这两个质粒是不兼容的。
选择/检测插入片段：
为了鉴别质粒中是否含有插入片段，对一些载体进行了工程改造，这样产生的多位点接头的分离会引起可见的表型。例如：lacZ基因的应用（多位点接头的分离会引用白细胞的生长而抑制蓝细胞的生长，如pU19）和cccdB基因（调控细胞死亡）的应用（分离会促进细胞存活）。
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