关于同源基因的相互联系介绍
基因的直系同源、旁系同源或异源同源关系 [1] 。祖先物种通过两次物种分化形成ABC三个物种；伴随物种分化而进行的两次基因重复共形成A1、B1、B2、C1、C2、C3等6个基因。显然，C2与C3互为直系同源；B1与C1互为旁系同源；AB1与其他6个基因互为异源同源。然而，B1和B2、B2和C1又是什么关系呢?在这个问题上曾引起争议。B1和B2、B2和C1的分离是由于第一次基因重复而产生的，套用定义，可得出B1和B2、B2和C1互为旁系同源。同理，B1和C2/C3、C1和C2/C3也互为旁系同源。类似的，根据直系同源基因的定义，B2和C2/C3、A1和所有B基因及C基因互为直系同源。
以上只是根据基本定义进行的大致的归分。然而，在研究亲缘关系较远的物种时，物种分化和基因重复的嵌套发生使研究具有很大的复杂性和困难度。这时，笼统的划分直系同源和旁系同源关系并不足以解决问题，我们需要一个更为精确的分类。为了区别于B1和C1的简单的直向同源关系，把B2和C2/C3的同源称为“共生直向同源”co—ortholog)或“横向同源基因家族谱系特异性扩充”(1ineage—specific expansion ofparalogous family)。为了区分C2和C3、B1和C2/C3这两种同源关系，可以根据物种分化和基因重复的发生的先后次序，把旁系同源基因又分为内旁系同源基因（inparalog）和外旁系同源基因（outparalog）。在物种分化之后产生旁系同源基因的称“内旁系同源基因”；在物种分化之前产生横旁系同源基因的称“外旁系同源基因”。 “内旁系同源基因”和“外旁系同源基因” 只是一种相对的划分，取决于所研究的系统和选作标准的某特定分化事件。若以第二次物种分化为准线，则C2和C3的分离发生在物种分化之后，因此它们互为内旁系同源基因；B1和C2/C3的分离发生在物种分化之前， 因此B1和C2/C3互为外旁系同源基因。
