目前可统计的病毒性疫苗和细菌性疫苗总数超过40种，其中我国计划免疫并免费的疫苗有以下14种。14种计划免疫疫苗中常规的有11种，包括卡介苗、脊髓灰质炎疫苗、百白破三联疫苗、白破疫苗、麻疹疫苗、麻腮风疫苗、乙脑疫苗、乙肝疫苗、A群流脑疫苗、A+C群流脑疫苗、甲肝疫苗。根据疾病的流行情况，还有3种在部分地区接种，包括流行性出血热疫苗、炭疽疫苗、钩端螺旋体疫苗。可预防的疾病有15种：结核病、脊髓灰质炎、百日咳、白喉、破伤风、麻疹、风疹、流行性腮腺炎、流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓膜炎、甲型病毒性肝炎、乙型病毒性肝炎、流行性出血热、炭疽、钩端螺旋体病。针对每一品种的疫苗，又分不同人群有不同规格和有效成分含量的区别。上述类别组合后，在药监部门可以查到的规格就在1400种以上，要出台一个统一的清洁生产标准，其复杂性可想而知。
同时，清洁生产指标测定的样本企业应具有代表性，并且要有一定数量的样本。而生物药品制造业中除血液制品外，找不出具有代表性的企业，更没有足够的样本企业。比如疫苗类产品，生产同一产品的企业难以找到第四个企业;更不用说希望在接近同产品、同工艺、同原料、同设备的基础上建立指标体系构架。在这种情况下，即使研制了指标，也仅是适用于2～3企业，靡费资源，毫无实际使用价值。