BD FACSVerseTM流式细胞仪配备了全新的BD FACSuiteTM操作软件，现在用户可以自动化实现一些常规操作，例如：以最少的点击次数完成仪器的启动、设置、获取样本、数据分析的全过程。软件包的模块化架构使用户可以同时执行多项任务，并且在获取样本的同时也可同步进行数据分析。据Glasscock介绍，BD FACSuiteTM软件还引入了一项全新的操作范例：以前流式用户不得不每天不厌其烦的进行荧光补偿值的修正，特别是对多色分析实验而言荧光补偿值的修正是必须的，然而时至今日BD FACSuiteTM软件的推出彻底的改写了历史，从此流式用户再也无需每天对荧光补偿值进行反复的校正。BD FACSuiteTM软件使得assays和experiments的设置可以被直接输出并共享到全球任何一台其他的BD FACSVerseTM系统上面使用，最大程度地降低了不同仪器间及用户间的实验差异。