3D CNV鉴定实验-CN
拷贝数变异 (CNV) 是基因座的野生型拷贝数相比参考基因组增加或减少造成的基因组失衡。这些基因组改变从小的 (小于10 kb) 插入或缺失到大的 (超过1 Mb)、复杂的多等位基因复制均有。CNV是人类基因组中最常见的遗传变异，与多种疾病有关，包括癌症或遗传性疾病易感性 [1, 2]。因此，我们需要简单可靠的方法定量CNV，用作潜在的生物标记物，并用于了解肿瘤形成的分子机制。
目前的CNV评估方法如表1所示。这些方法包括原位杂交，但该方法耗时、费力且结果分析具有主观性 [3]。阵列比较基因组杂交 (aCGH) 可以提供更高的精度，但该方法需要大量的操作时间且分辨率取决于所需的阵列类型 [4]。最近，下一代测序技术的进步使得通过单次运行即可经济高效地检测多种类型的遗传变异成为可能 [5]。最后，在目前所有方法中，实时荧光定量和数字PCR技术提供了最简单的工作流程，可以获得准确的拷贝数结果，且操作时间极短，周转时间较快。
利用传统实时荧光定量PCR仪器和软件，TaqMan®Copy Number Assay可广泛应用于CNV评估。产品提供了逾160万种预设计Assay和定制设计工具，以及简单的工作流程，可以获得特异且高度可重复的拷贝数结果。尽管该工作流程具有诸多明显的优势，但是采用传统实时荧光定量PCR运行拷贝数分析的限制之一是测量精度下降，后续测量亦会出现倍增或损失。在许多情况下，测量精确度不够，无法用于高拷贝数或极小的拷贝数差异检测。
QuantStudio®3D数字PCR系统采用数字PCR (dPCR) 技术——能够实现高度精确的测量，区分拷贝数的微小变化。在本应用说明中，我们证明了低拷贝数和高拷贝数基因的精确测量。结果证明，该方法的分辨率优于实时荧光定量PCR，且可重复性高，即便是使用福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 的组织样本亦是如此。我们还提供了同一基因组区域内紧密连锁基因的拷贝数测量的一般指南。我们的结果证明，QuantStudio®3D系统可提供一种灵敏、准确且可靠的CNV分析方法，适用于癌症研究及其他领域，具有无与伦比的精度。
