单细胞分离策略的优缺点
据美国能源部微生物基因组学计划的主管Tanja Woyke介绍，研究人员使用几种方法分离单细胞，它们各有优缺点。
Quake曾使用微流体方法来分离一种称为TM7的无法培养微生物1。TM7是杆状的，于是Quake及其团队专门捕获口腔微生物群落中的杆状细菌。随后他们通过核糖体RNA来追踪所要的细胞。在35个分离的杆状细菌中，4个都证明是TM7，他们对其中一个进行测序。
Woyke认为，微流体方法有两个主要优势。第一，用户能够观察他们正在分离的细胞，这让他们能够选择特定的形态或表型，并将此信息与基因型相关联。第二是扩增效率。单拷贝的细菌基因组显然不够用来测序，因此需要全基因组扩增。但并非所有片段都能同等扩增，一些可能会丢失。“一些研究表明，如果反应体积越小，那么单细胞基因组的回收就越好，覆盖也更加均一，”Woyke说。
尽管如此，微流体策略通常是低通量的，且只有少数实验室能够接触到这种设备。一个商业化的选择是Fluidigm的C1™单细胞自动制备系统，这个微流体系统能够自动化分离和制备96个单细胞的测序文库。不过，它只适用于哺乳动物细胞，目前不支持细菌分离。
另一种单细胞分离方法是显微操作，其中研究人员使用操纵杆驱动的玻璃毛细管来挑选单个细胞，并依次转移到目的容器中。
Woyke表示，她偶尔会使用这种方法，主要是在处理低复杂度的样品时，在2010年发表的一篇文章中，她和她的同事对一种昆虫的细菌共生体进行测序，根据它独特的形态将其与另一种共生体分离2。“这就是主要优势，”Woyke说。“你可以看到细胞。”不过，显微操作的通量也非常低。若细胞能游动或有粘性，则很棘手。
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