作者提到，在制备DNA样品的文库时，应考虑几点，包括起始材料的量以及测序应用。若基因组的GC含量较高或较低，文库制备有可能会出现偏向。此时应精心选择PCR扩增的酶、条件以及缓冲液，来解决这些问题。

　　目前有多家公司提供制备DNA测序文库的试剂盒。竞争使得价格稳步下降，质量不断上升。这些试剂盒可从微克至皮克级的起始材料开始制备文库。不过，大家应该记住这一点，起始材料越多，意味着扩增越少，文库复杂性越好。

　　对于RNA测序实验，作者认为，在决定文库制备的方法之前应考虑实验的主要目的。如果目的是发现复杂和整体的转录事件，那么文库应捕获整个转录组，包括编码、非编码和基因间RNA，尽可能完整。然而，在很多情况下，人们的目的只是研究翻译成蛋白的编码转录本。此外，有些研究的目的是分析小RNA，主要是miRNA，或snoRNA、piRNA等。作者列出了各个实验的选择指南。