1955年，应崇福先生婉辞丘尔教授的多次挽留，毅然回国。他一踏上祖国的大地，便全身心地投入到发展祖国的科学事业中，为开创和发展我国的超声事业做出了杰出贡献。　

　　1960年至1961年底，全国出现了“超声运动”，应崇福先生及时指出超声不是万能的。“超声运动”后的低潮期，他又为超声正名，给聂荣臻元帅写信，并在人民日报发表文章，阐明要正确认识超声学及其应用，使超声研究回到了正确的科学轨道。　

　　文革中，应崇福先生遭到错误批判，住“牛棚”八个月。1972年，他尚未恢复正常工作，便开始推动声表面波创新课题研究。1978年，他组织成立了中国机械工程学会无损检测学会，并担任第一届理事长；同年，他组织成立了中国电子学会应用声学分会，任理事长；1981年，当选中国机械工程学会第四届副理事长；1985年，中国物理学会声学专业委员会与电子学会应用声学学会合并，成立了中国声学学会，他任第一届理事长；1986年，他再次当选中国机械工程学会第五届副理事长。在他的推动下，在七十年代末至八十年代初期间，我国从事超声检测与处理加工的工程技术人员达数十万之多，20余所大专院校开设了超声专业，各主要工业部门也建立起了相应的研究机构。全国乡级以上医院都建立了超声诊断常规检查，这些无不包含了应崇福先生的心血。面对超声研究和应用蓬勃发展的形势，应崇福先生深深意识到，作为国家队的中国科学院，应当在提高研究和应用水平上下功夫，推动学科发展，他在坚持应用研究的基础上，毅然决定把研究重点转向基础研究上来。