随着育种亲本利用的集中化，品种鉴定越来越困难，传统的方法也就越来越不适应品种鉴定和纯度分析，实践中迫切需要开发新的检测技术。利用分子标记技术建立的DNA指纹图谱是鉴别品种、品系的有力工具。指纹图谱具有高度的个体或基因型特异性，具有分辨率高、重复性好和简单快速等优点。

　　常用的DNA指纹技术有RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR等。不同的分子标记应用价值不同，RAPD技术具有简单易行、自动化程度高、实验周期短的优点，但对反应条件较敏感，重复性差;AFLP具有多态性高和稳定性好等优点，但所需DNA模板量大，操作步骤复杂，同时还是ZL技术。与其他标记相比，SSR标记在DNA指纹库构建上显示了独特的优越性。SSR标记数量丰富，覆盖了整个基因组，揭示的多态性高，实验重复性好，结果可靠性高;呈共显性遗传，符合孟德尔遗传规律。虽然SSR引物的开发费用较高，但由于其巨大的应用潜力，在一些主要农作物中，SSR引物的开发正在进行，为该技术在作物品种鉴定中的应用提供良好的条件。