然而这日渐繁荣的市场，却未给我们国产的仪器厂商带来太多的收益，据了解目前我国的中高端质谱完全依赖进口，也就是说我们所青睐的多是些国外品牌，我国的市场也成为别国商家吸金的对象。这真的不是“蝇头小利”啊，一台质谱仪国产的最便宜的也要几十万，进口每台差不多都要100万到500万甚至更多，一所211工程大学光质谱仪一项设备就需投入几千万，。但是这几千万又有多少是采购国内产品的支出呢?没有多少吧。北大、清华有国产质谱仪吗?估计可能性不大，其它作为科研基地的高等院校呢?恐怕加在一起也不会超过十几台吧。那么这个超过10%的需求量都是给谁创造的，安捷伦?赛默飞世尔?还是沃特世?总之很少会轮到中国的品牌。
其实我国有机质谱仪器的研制在60年代已经开始，无论北京分析仪器厂还是科学院仪器厂都曾推出自己设计生产的化学分析质谱仪和GC/MS。然而国产仪器在性能、价格等方面均不敌外国产品，因而逐渐失去市场。为了维持生计，这些国有仪器厂逐步由独立设计生产演变成为外国产品装配和委托维修，技术力量和设备随之流失。某些高校和科研单位虽已研制成功MALDI-TOFMS等仪器，却未能转变成商品。