在另一项研究中，B-ALL儿童患者血液中分离出的初代T细胞中，如果LAG-3 + / TNF-alpha-low CD8 +亚群多，则这类患者就容易发生抗CD19 CAR T治疗失败（Finney et al，2019）。
这些研究表明，尽管需要分析的T细胞表型可能在不同疾病和不同治疗方法之间有所不同，但是对单采细胞中T淋巴细胞的表型分析，可以为CART细胞的生产以及进一步的患者管理提供预后评估的指标。
流式细胞术还可用于评估输注之前CAR T细胞的表型和功能。抗CD19治疗CLL后表现出完全应答的患者，其CAR T细胞可产生更高水平的STAT3相关细胞因子（包括IL-6、IL-17、IL-22、IL-31、CCL20），并且血清IL-6水平与CAR T细胞扩增相关。表达高水平的IL-6受体的CD27 + PD-1 ? CD8 + CAR T细胞可预测治疗反应的改善（Fraietta et al，2018）。在CAR-T治疗有效的小鼠白血病模型，如果去除CAR T产物中CD27 + PD-1-CD8 + T细胞群，则会导致白血病复发（Fraietta et al，2018）。相反，某些标志物的存在预示着治疗失败，例如：CD8 + PD-1 +表型的CAR T细胞百分率高则预示治疗失败，PD-1和LAG-3的共表达或TIM-3表达与预后差相关（Finney et al，2019; Fraiettaet al，2018）。采用流式细胞术算法来确定可预测患者对免疫疗法反应的CAR T细胞生物标志物，从而可以帮助建立预后模型，并最终导致更个性化的治疗方法（Aghaeepour et al，2012；Bruggner，Bodenmiller，Dill，Tibshirani, Nolan，2014；Pouyan & Nourani，2017）。