宽带移动通信专项聚焦TD―LTE、4G等产业前沿重大目标，组织中国移动、华为、中兴等优势企业联合攻关。集成电路装备专项围绕集成电路制造装备、材料、工艺、产品的开发和应用，着力打造产业链，通过构建光刻设备和封测等产业技术创新联盟，开展产学研用协同攻关。新药创制和传染病防治专项，重点围绕新药创制和大品种改造平台建设、传染病综合防控能力提升，进行系统设计与统筹部署。

　　重大专项在组织实施中突出企业的技术创新主体地位，促进创新要素向企业集聚，以产品开发和产业化为目标的任务以及示范工程，由行业骨干企业牵头实施。“十一五”期间，企业承担课题1063项，国拨经费数占总数的50%以上;其中2010年企业牵头承担课题超过200项，国拨经费数占总数的80%以上。围绕科技重大专项任务目标，推动组建产学研用紧密结合的产业技术创新战略联盟，形成各方共同投入、分工协作、成果共享、风险共担的利益共同体，充分发挥各创新主体的作用，集成各方优势力量，开展“大兵团”联合攻关，相关领域创新能力得到大幅度提升，取得一批重要成果，为应对国际金融危机、调整产业结构、培育战略性新兴产业和改善民生提供了强有力的科技支撑。截至2010年年底，已成立了40多个联盟，在专项任务实施中发挥了重要作用。

　　展望“十二五”，我国自主研制的大飞机将在2014年实现首飞;我国具有自主知识产权的高温气冷堆核电站示范工程将于2013年投产;我国集成电路设计和制造领域将大大缩小与国际差距，某些重点装备实现与国际同步发展目标。