利用这批先进的设备，中心开展了一系列富有成果的研究工作。包括肿瘤标记物的发现、人类尿蛋白质组学的研究等等，发表在《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics, MCP）等世界主流蛋白质组学杂志上。对人类尿蛋白质组表达谱和糖基化修饰谱的研究是当时国内的首创。蛋白质组学中心还先后开发了具有自主知识产权的AMASS数据分析软件和微波辅助样品处理技术。
2007年，为了更好地发展蛋白质组学中心，蛋白质组学研究中心搬回了基础所所内，由基础所仪器中心辅助管理。2008以来，随着国家对基础科学在仪器设备方面的资助，实现了蛋白质组研究中心的仪器更新换代。接下来，郑主任详细介绍了目前中心拥有的先进系统。质谱包括布鲁克·道尔顿公司的UltraflexExtreme MALDI TOF/TOF基质辅助激光解吸串联飞行时间质谱仪，美国赛默飞世尔公司的LTQ 线性离子阱质谱仪及Orbitrap Velos 轨道阱质谱仪，AB SCIEX公司的5600 Triple TOF四极杆飞行时间质谱仪，布鲁克·道尔顿公司的9.4 Tesla APEX FT ICR磁回旋共振质谱仪，MassArray DNA分析系统、PE新生儿筛查系统等。此外，还拥有2D-DIGE荧光差异双向凝胶电泳、Biacore 生物分子相互作用分析仪、Luninex 200 液态悬浮芯片系统等等。