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PCR之歌+PCR十大常用网站+结果图剖析（一）

2021.7.01

PCR作为老生常谈的一种实验技术，对实验新手而言却仍是一个不小的挑战，比如引物的设计、预测脱靶效率、PCR中的疑难杂症等等，其中任何一个问题都会让他们头疼一阵了。而本文推荐的十个常用网站基本囊括了PCR全方位攻略，你想知道的都可以在这里找到答案。

1.Primer3

网址：http://primer3.sourceforge.net/webif.php

Primer3是一个非常简单却高效的引物设计在线软件。你只需在目标序列中粘贴DNA序列后点击搜索即可。其中，可通过多种方式来对结果进行筛选，包括PCR产物的大小、引物大小、Tm范围和其他参数。同样，还可使用Primer3来设计用于PCR-ELISA的杂交探针和其他基于探针的PCR引物设计。

2.NCBI

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI网站的用途远不止于搜索文献和BLAST。在Primer Blast中，可搜索到合适的引物对（该功能类似于Primer3）或者在输入特异性引物序列后，利用Primer Blast来检测其特异性，进而减少非靶向扩增。在全基因组DNA中，如果你想扩增多基因家族中的一个基因，那么对靶基因的引物进行blast会提高PCR反应的特异性。且该方法也可扩增质粒上的靶标，并降低产生非特异性PCR产物的风险。

3.Serial Cloner

网址：http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html

如果你需要定期进行PCR和克隆，那么这个软件绝对值得拥有，可下载适用Mac和Windows操作系统的免费软件。一旦你安装了程序并保存了你的DNA和引物序列，就可以运行虚拟PCR，查看限制性位点，进行酶切测试（甚至可以添加你的分子量标记来了解你的琼脂糖凝胶应该如何看待！），执行序列比对等等。Serial Cloner还可用来制作能放在PPT甚至文章中的克隆质粒图谱。

4. Integrated DNA technologies

网址：https://sg.idtdna.com/country.aspx

尽管这不是一个只针对PCR的网站，但是可以在其中找到很多非常有用的工具来帮你操作PCR反应和实时PCR实验。比如，计算引物和扩增子的一般性质或者依据具体需求来设计特异性的寡核苷酸等。值得一提的是，该网站还会提供一些稀释底物方法，以解决实验中琐碎的稀释计算方法。

5.Gene Quantification Page

网址：http://gene-quantification.info/

这个网站是由创建qPCR相对定量Pfaffl法的Michael P.Pfaffl编辑的，对于qPCR实验新人来说，可能是一个很好的资源。在这里，可以找到有关qPCR的所有知识，包括qPCR新的应用方法、定量算法、循环参数、试剂盒、染料等等。除此之外，许多商业和学术机构都在qPCR平台上对他们的产品以及实验方法做了非常详细的概述。

6.Saccharomyces genome database

网址：http://www.yeastgenome.org/

该网站对酵母的相关研究方法进行了优化，在Analyze这一栏中，点击Design Primers即可针对酵母基因设计PCR引物。同样点击该栏目下的Restriction Mapper可简单快速地分析酵母基因组的酶切位点，为后续构建基因表达载体打下基础。另外，Webcutter也是一个常用于分析基因酶切位点的在线软件。

7.Rest 2009 Real-Time Quantification software

网址：http://rest.gene-quantification.info/

该软件是由Michael P.Pfaffl和Qiagen共同研发的，是实时PCR（Realtime PCR）原始数据量化的重要资源。要访问该软件，首先需要在Qiagen网站上（https://www.qiagen.com/cn/loginscreen.aspx?ReturnUrl=%2fcn%2ffeedbackform%2fsurveyform%2frest%2f%3fakamai-feo%3doff）创建一个登陆名并选择使用的PCR仪器，该软件会应用数学模型，来预测靶基因和内参基因的PCR效率。

8.LinRegPCR

网址： http://www.hartfaalcentrum.nl/index.php?main=files&fileName=LinRegPCR.zip&description=LinRegPCR:%20qPCR%20data%20analysis&sub=LinRegPCR