Orbitrap Exploris 480：丰富的定量流程介绍（一）
前两期中，我们分别介绍了Orbitrap Exploris™ 480的设计原则和硬件性能，卓越的定性能力，FAIMS Pro可选组件以及对TMT定量的改进。本期，飞飞将为您展示Orbitrap Exploris™ 480最绚烂的一笔——
极致丰富的定量流程
BoxCar, SureQuant定量流程
随着蛋白质组学的进一步发展，只适用于发现阶段的数据依赖采集模式（Data
Dependent Acquisition, DDA; 例如非标记定量，SILAC, TMT,
稳定同位素二甲基标记等定量蛋白质组学方法都属于这一范畴）已经不能完全跟上日益提高的分析需求，尤其是针对临床大队列的转化医学研究。而随后发展的DIA⁽¹⁾,
PRM⁽²⁾等靶向或者拟靶向技术则进一步填补了基础研究和临床应用的隔阂。
Orbitrap Exploris™ 480对于上述涉及的所有定量方法都给出了非常完善的支持，除此之外Orbitrap Exploris™ 480上的两个新的定量方法也极大的丰富了现有的定量流程。
2018年Matthias实验室在Nature Methods上发表了全新的BoxCar的采集方式（图1）。
图1.BoxCar采集方式示意
BoxCar采集方法的核心思想在于一级全扫时采用分段累积，合并扫描的multi-plexing full scan来规避在同一张full scan中高丰度肽段对于低丰度肽段的信号压制，从而提升一级全扫的动态范围和触发二级的灵敏度。
并且借助MaxQuant软件的“Match Between Runs”功能，还可以使用一级质谱feature的精确质核比和保留时间来进行不依赖于二级鉴定的定量模式。BoxCar的采集模式对于动态范围大的样本会有比较显著的鉴定深度优势。Orbitrap Exploris™ 480对于BoxCar的采集模式提供了更好的兼容性，例如将Spectral Multiplexing从10提升至了20, 以支持更为密集的BoxCar隔离窗口。通过对未进行高丰度蛋白去除的血浆样品的分析我们可以看到，采用BoxCar的集采模式相较于传统DDA显著增加了肽段和蛋白的鉴定数量（图2-(a,b,c,d)）。
图2-(a,b,c,d) Orbitrap Exploris™ 480上使用BoxCar DDA模式对血浆样品进行分析
