但是，他们意识到一些人对巴西坚果有过敏反应，随即对转入编码蛋白质2S albumin的基因的大豆进行了测试，发现对巴西坚果过敏的人同样会对这种大豆过敏，蛋白质2S albumin可能正是巴西坚果中的主要过敏原（研究结果发表于《新英格兰医学杂志》The New England Journal of Medicine, 1996, 334:688-692 ）。
于是先锋种子公司取消了这项研究计划。此事却被说成是“转基因大豆引起食物过敏”。“巴西坚果事件”也是迄今所发现的唯一因过敏而未被商业化的转基因食品案例。
其实，国际上已有关于产生过敏反应的食品及其有关基因的清单。在研究转基因作物时，研究人员首先不能采用这些过敏性食品的基因；对转基因作物制造的新蛋白质，需对其化学成分和结构与已知500多种过敏原作对比，如果具有相似性，也将会被放弃；另外，对外源基因形成的新蛋白要进行消化速度检测，如果不能快速地被消化，也不能供食用。