脊索动物的来源与研究进展
脊索动物的来源有两种假说：环节来源说和棘皮来源说。由于棘皮来源说有更多的证据 ，本文按照棘皮来源说（echinoderm theory）论述。
脊索动物有一些性状与棘皮动物相同，如后口 、三胚层、两侧对称 和分节现象 等，说明脊索动物是由棘皮动物进化而来。按照综合进化论 可以推测某些棘皮动物胚胎期变异 后体内产生脊索雏形，这种脊索雏形使棘皮动物幼体 可以更方便的运动 ，从而扩大了摄食范围和增强了逃避敌害的能力，也使得有脊索雏形个体可以到达更远的地方，降低种内竞争 ，形成了形成新物种的条件。在自然选择下体内有脊索雏形的棘皮动物形成了新的物种。虽然由于原始脊索动物没有化石残留，但通过比较解剖学和胚胎学的证据，半索动物的幼体──柱头幼虫（Torn aria）可能可以作为棘皮动物和脊索动物的过渡型。因为柱头幼虫咽喉正中的背侧生长的囊状体从发生学和功用上均类似于脊索，生物学家也称其为脊索原基。
自然选择令在运动和支撑身体上有更多优势的脊索使越来越完善。于是进化出尾索动物（Subphylum Urochordata）。尾索动物仍保留有半索动物的一些特征：幼体尾部有较为成型的脊索，但在成体内脊索又消失。但是幼体脊索已经开始成型。如现存的海鞘（Ascidiacea）、尾海鞘（Appendiculariae）等生物。
由于脊索不仅能令动物幼体更具生存竞争力，对于成体，脊索也有新的用途 ，所以变异的那些脊索消失较晚的个体渐渐淘汰了脊索消失早的个体，这些脊索消失较晚的个体又进化出了新的生活方式和身体结构，这就是头索动物（Subphylum Cephalochordata）。从比较胚胎学证据 也得出尾索动物进化又产生了头索动物。头索动物的脊索纵贯于全身的背部，并终生保留。头索动物身体呈鱼形，体节分明，表皮只有一层细胞，头部不显，故称无头类（Acrania），如文昌鱼。至此，完整的脊索完全产生了。
